2035年，地球被病毒毁灭。囚犯科尔被送回1996年调查源头，但他越调查，越发现自己可能是释放病毒的那个人。
2035年，人类仅存1%，住在地下。科学家将囚犯科尔送回病毒爆发前——1996年，去追踪一个名为“十二猴子军”的环保恐怖组织。科尔被误送错时间，关进精神病院，遇到病毒学家凯瑟琳。凯瑟琳相信他的故事，两人在多个时间线跳跃调查。然而科尔发现，每一次试图阻止病毒，都会造成更大的灾难。最恐怖的是，他在2040年的实验室里看到了自己的DNA样本，旁边标注着：“原始毒株携带者：科尔”。原来，科尔在未来已经感染了原始病毒，而他每一次穿越，都在不同时间线留下了微量病毒。他不是救世主，他是那个把病毒洒满历史的人。最后一集，科尔站在1996年的机场，身边是健康的旅客，而他鼻子里流下一滴血。
剧版比电影版更宏大、更绝望。时间旅行的逻辑严谨到像论文，但情感浓度高到像诗歌。科尔从英雄到“病原体”的转换，是科幻史上最残忍的设定。那句“你以为你在拯救世界，其实你在制造它”能刻进DNA。
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